O capítulo sobre os povos indígenas do relatório da Comissão Nacional da Verdade inaugura a inclusão das populações indígenas nos debates oficiais sobre a Justiça de Transição, em conjunto com o processo concedeu anistia política a um grupo de 14 indígenas do povo Aikewara, em setembro de 2014.
Inserido no Volume II do relatório geral, assinado por Maria Rita Kehl, o capítulo “Violações de direitos humanos dos povos indígenas” apresenta, ao longo de 60 páginas, um número limitado de casos de violações de direitos contra povos indígenas, entre eles: o esbulho dos territórios Ava-Guarani, Guarani Kaiowá, no noroeste do Paraná e no sul do Mato Grosso do Sul, respectivamente; a emissão de certidões negativas sobre os territórios dos Nambikwara (MT); os processos de desagregação social e extermínio dos Xetá (PR), Tapayuna (MT) e Avá-Canoeiro (TO); as mortandades causadas pela construção estradas e hidrelétricas entre os Panará (MT), Parakanã (PA), Akrãtikatejê (PA), Yanomami (RR) e Waimiri-Atroari (AM). O texto apresenta também a constituição de sistemas punitivos sob a égide do SPI e da Funai e práticas de tortura, como no caso do Reformatório Krenak (MG), em que indivíduos de vários povos foram encarcerados. No capítulo sobre a Guerrilha do Araguaia, no Volume I do relatório, as violações cometidas contra os Aikewara (PA) também foram detalhadas.